Danny, un garçon studieux de 9 ans, a pour meilleur ami au monde son chien Charlie. Un jour, Charlie se fait enlever par des extraterrestres, mais revient aussitôt avec des superpouvoirs inconnus. Sous le choc, Danny découvre que son animal de compagnie s'est transformé en un véritable super-héros ! Tout va pour le mieux jusqu'à ce que Puddy, le chat diabolique d'à côté, et son improbable acolyte canin Cookie, mettent au point un plan machiavélique pour contaminer la chaîne alimentaire humaine et détruire l'humanité. Danny et Charlie doivent agir vite et trouver comment utiliser les superpouvoirs de Charlie le Super-Chien pour stopper le plan maléfique de Puddy et sauver le monde !